Il y a quelques années, la Terre a subi deux impacts, entraînant des catastrophes écologiques de grande ampleur. Ces impacts sont dus à des extra-terrestres surnommés Anges. A la suite de cette attaque, une organisation a été fondée : la NERV. Elle a pour but de contrer les Anges et d'empêcher le troisième impact qui détruirait la Terre définitivement. Pour contrer ces anges, la NERV a mis au point plusieurs machines nommées : EVA. Mais les EVA posent quelques problèmes de maniement. Une symbiose doit se créer entre le pilote et la machine sinon l'EVA devient incontrôlable. Une attaque d'Ange est proche, mais la NERV manque de pilote pour les machines. Rei Ayanami (première adolescente à avoir été recruté par l'organisation) s'est gravement blessée car l'harmonie entre elle et la machine n'a pas fonctionné. Misato, agent pour la NERV recrute Shinji. Son taux de compatibilité est énorme même s'il est psychologiquement instable. Toujours très réservé et replié sur lui-même.